Tuan Yang Terutama Tun Datuk Seri Utama Dr. Mohd Khalil bin Yaakob menerima PhD daripada Canselor KUIM, Tan Sri Mohd Ali bin Rustam sambil diperhatikan oleh Ketua Menteri Melaka, Datuk Seri Utama Ir. Idris bin Harun semasa istiadat Konvokesyen Ke-21 KUIM di Dewan Seri Negeri, pada 30 September 2017.
Sepanjang lima tahun bergelar pelajar, Tuan Yang Terutama Tun Datuk Seri Utama Dr. Mohd Khalil bin Yaakob nekad untuk menghabiskan tesis yang bertajuk ‘Kebijaksanaan Pemerintahan Kesultanan Melayu Melaka (1466-1488)’ di bawah seliaan Prof. Emiritus Datuk Dr. Abdullah Zakaria bin Ghazali.